移籍に関わる補償
FA選手がFA権利を行使して他球団へ移籍した場合、移籍先球団は前球団に対して金銭及び選手の補償をしなければならない

金銭補償 - 移籍先球団は初めてFAを使用して移籍した選手ならば旧年俸の80%、2度目以降の場合は40%を前球団へ支払わなければならない。
選手補償 - 前球団は移籍先球団が保有する支配化選手のうちプロテクトした28名の選手+外国人選手を除いた中から選手1名獲得することが出来る、ただし前球団が選手による補償を求めない場合は前記金銭補償の50%（つまり初回40%、2回目以降20%）の金銭補償を持って選手補償にかえることが出来る。選手による補償が重複した場合（移籍先球団が複数名と契約した場合）は移籍先球団と同一連盟内、同一連盟内であれば同年度の勝率が低い順に前球団に優先順を設ける。
つまり実際の補償としては以下の2通りとなる。

移籍したFA選手の旧年俸の1.2倍（2度目以降のFAでは旧年俸の0.6倍）
移籍先球団がプロテクトした選手（28人+外国人選手）以外の選手1人と、FA選手の旧年俸の0.8倍の金銭（2度目以降のFAではプロテクト外選手1人+旧年俸の0.4倍の金銭）。